基本信息
姓名：陈曦
职称：研究员，博士生导师
电子邮件：xi.chen@ia.ac.cn
研究领域：生物组织高通量序列图像实时配准技术
联系地址：北京市海淀区中关村东路95号
教育背景
2004年- 2009年，中国科学院自动化研究所，工学博士；
2000年- 2004年，西安交通大学，学士
科研与学术工作经历
2021-04~现在, 中国科学院自动化研究所, 研究员
2012-10~2021-04,中国科学院自动化研究所, 高级工程师
2015年2月-2017年2月； 中国科学院自动化研究所类脑智能研究中心；高级工程师；
2009-07~2012-10,中国科学院自动化研究所, 助理研究员
承担与参与的科研项目情况
1. 序列切片透射电镜电子断层成像数据配准系统研制, 主持, 部委级, 2020-09--2022-08
2. 笼养动物实时跟踪、分割和行为分析的智能化系统, 主持, 部委级, 2020-01--2024-12
3. 中科院关键技术人才, 主持, 部委级, 2019-01--2021-12
发明专利
[1] 一种对扫描电子显微镜图像畸变进行校正的方法, 发明, 2015, 第 1 作者, 专利号: ZL201110014855.6
[2] 多幅显微图像拼接中的灰度校正方法及装置, 发明, 2018, 第 1 作者, 专利号: 201711287182.5
[3] 生物组织序列切片显微图像的配准方法及装置, 发明, 2020, 第 1 作者, 专利号: 201710638426.3
[4] 面向序列切片的扫描电镜图像实时配准装置及方法, 发明, 2020, 第 1 作者, 专利号: 201711248908.4
[5] 显微序列图像拼接方法及装置, 发明, 2019, 第 1 作者, 专利号: 201811213303.6
[6] 生物样品三维结构的构建方法及装置, 发明, 2021, 第 1 作者, 专利号: 201811213305.5
[7] 大视场光学显微图像成像装置及方法, 发明, 2020, 第 1 作者, 专利号: 201811213274.3
[8] 基于X光图像的生物组织电镜图像校正方法、系统和装置, 发明, 2021, 第 1 作者, 专利号: 202011372160.0
论文著作发表情况
[1] Virus Identification in Electron Microscopy Images by Residual Mixed Attention Network, Computer Methods and Programs in Biomedicine, 2021, 第 2 作者
[2] Human Attention-inspired Volume Reconstruction Method on Serial Section Electron Microscopy Images, Cytometry: Part A, 2021, 通讯作者
[3] Dual Networks for High-Precision and High-Speed Registration of Brain Electron Microscopy Images, Brain Sciences, 2020, 通讯作者
[4] SiamBOMB: A Real-time AI-based System for Home-cage Animal Tracking, Segmentation and Behavioral Analysis, IJCAI, 2020, 第 1 作者
[5] A common hub for sleep and motor control in the substantia nigra, Science, 2020, 第 8 作者
[6] Robust Global Optimized Affine Registration Method for Microscopic Images of Biological Tissue, International Conference on Acoustics, Speech and Signal Processing(ICASSP), 2020, 通讯作者
[7] Skeleton-based image registration of serial electron microscopy sections, SPIE Medical Imaging, 2019, 第 1 作者
[8] Image deformation based on contour using moving integral least squares, IET Image Processing, 2019, 通讯作者
[9] Fully Deep Convolutional Neural Networks for Mitochondria Segmentation, SPIE Medical Imaging, 2018, 第 3 作者
[10] An unsupervised network for fast microscopic image registration, SPIE Medical Imaging, 2018, 通讯作者
[11] Correlative light and electron microscopy for complex cellular structures on PDMS substrates with coded micro-patterns, Lab on a Chip, 2018, 通讯作者
[12] Non-iterative simulations rigid registration method for serial sections of biological tissue, IEEE International Symposium on Biomedical Imaging, 2018, 通讯作者
[13] Morphology-Retained Non-Linear Image Registration of Serial Electron Microscopy Sections, IEEE International Conference on Image Processing, 2018, 第 1 作者
[14] Deep Contextual Residual Network for Electron Microscopy Image Segmentation in Connectomics, IEEE International Symposium on Biomedical Imaging, 2018, 第 3 作者
[15] A Refined Spatial Transformer Network, International Conference on Neural Information Processing, 2018, 通讯作者
